Университет қызметінің маңызды бағыттарының бірі қазақстандық және шетелдік жоғары оқу орындарымен және орталықтармен ғылым және білім беру саласындағы ынтымақтастықты дамыту болып табылады – бұл жоғары оқу орны қызметі тиімділігінің маңызды көрсеткіші.

Қазіргі уақытта БҚИТУ Қазақстан, Ресей, Украина, Белоруссия, Қырғызстан, Польша, Германия, Армения жоғары оқу орындарымен және ҒЗИ-мен ғылым және білім саласындағы ынтымақтастық туралы 46 шарт жасалды:

1. Акмулла атындағы Башқұр мемлекеттік педагогикалық университеті (Уфа қ., РФ)
2. Белгород мемлекеттік ұлттық зерттеу университеті (РФ)
3. Шығыс экономика-заң гуманитарлық академиясы (ВЭГУ академиясы) (Уфа қ., РФ)
4. Ресей Ғылым Академиясы Орал бөлімшесінің дала институты (Орынбор қ., РФ)
5. Қалмақ мемлекеттік университеті. Б. б. Городовикова (Элиста қ., РФ)
6. Қырым инженерлік-педагогикалық университеті (Симферополь қ., РФ)
7. Халықаралық нарық институты (РФ) (Самара қ., РФ)
8. Орынбор мемлекеттік аграрлық университеті (РФ)
9. Орынбор мемлекеттік педагогикалық университеті (РФ)
10. Орынбор мемлекеттік университеті (РФ)
11. Ресей Федерациясы Орталық Одағының “Ресей кооперация университеті” автономдық коммерциялық емес жоғары білім беру ұйымының
12. Поволжье кооперативтік институты (филиалы) (Энгельс қ., РФ)
13. Самара гуманитарлық академиясы (РФ)
14. Самара мемлекеттік сәулет-құрылыс университеті (РФ)
15. Самара мемлекеттік техникалық университеті (РФ)
16. Самара басқару институты (РФ)
17. Саратов мемлекеттік аграрлық университеті. Н. И. Вавилова (РФ)
18. Ю.А. Гагарин атындағы Саратов мемлекеттік техникалық университеті (РФ)
19. Н.Г. Чернышевский атындағы Саратов мемлекеттік университеті (РФ)
20. Эксперименттік эмбриология және репродуктивті биотехнологиялар орталығы (Мәскеу қ., РФ)
21. Қырғыз Республикасы Президентінің жанындағы Мемлекеттік басқару академиясы (Бішкек қ., Қырғызстан Республикасы)
22. “Манас” қырғыз-түрік университеті (Қырғызстан Республикасы, Бішкек қ.)
23. В. Брюсов атындағы Ереван мемлекеттік лингвистикалық университеті (Армения)
24. Беларусь ҰҒА Жалпы және бейорганикалық химия институты (Минск қ., Беларусь Республикасы)
25. Быдгоще қаласындағы Экономика университеті (Польша)
26. Қайнар академиясы (Алматы қ., ҚР)
27. Қ. Жұбанов атындағы Ақтөбе өңірлік мемлекеттік университеті (ҚР)
28. Ақтөбе университеті. С. Бәйішев атындағы ақтөбе (ҚР)
29. Ы. Алтынсарин атындағы Арқалық мемлекеттік педагогикалық институты
30. Х. Досмұхамедов атындағы Атырау мемлекеттік университеті (ҚР)
31. Атырау Мұнай және газ институты (ҚР)
32. Жәңгір хан атындағы Батыс Қазақстан аграрлық-техникалық университеті (Орал қ., ҚР)
33. М. Өтемісов атындағы Батыс Қазақстан мемлекеттік университеті (Орал қ., ҚР)
34. Қазақ мемлекеттік қыздар педагогикалық университеті (Алматы қ., ҚР)
35. Қазақ ұлттық университеті. Әл-Фараби (Алматы қ., ҚР)
36. Қостанай мемлекеттік педагогикалық институты (ҚР)
37. Атындағы Қостанай инженерлік-экономикалық университеті. М. Дулатова (ҚР)
38. Қорқыт Ата атындағы Қызылорда мемлекеттік университеті (ҚР)
39. М. Х. Дулати атындағы Тараз мемлекеттік университеті (ҚР)
40. Тұран университеті (Алматы қ., ҚР)
41. Оңтүстік Қазақстан гуманитарлық институты. М. Сапарбаев (Шымкент қ., ҚР)
42. “Perspective plus” халықаралық инновациялық орталығы (Теплица қ., Чехия)
43. Альметьев мемлекеттік мұнай институты (Татарстан Республикасы, Альметьевск қаласы)
44. Орал мемлекеттік педагогикалық университеті (Екатеринбург қ., РФ)
45. Оңтүстік – Орал мемлекеттік гуманитарлық-педагогикалық университеті (РФ, Челябі қ.)
46. Самара мемлекеттік әлеуметтік-педагогикалық университеті (РФ)
47. Пенза мемлекеттік аграрлық университеті (РФ)
48. Тамбов мемлекеттік техникалық университеті (РФ)
49. Поволж мемлекеттік сервис университеті (Тольятти қ., РФ)
50. Мәскеу халықаралық академиясы (РФ)
51. Краснодар зоотехния және ветеринария ғылыми орталығы (РФ)
52. Бонн университетінің Шығыстану және азиялық зерттеулер институты (Германия)
53. П.А. Столыпин атындағы Ульянов мемлекеттік аграрлық университеті (РФ)
54. Удмуртия мемлекеттік университеті (Ижевск қ., РФ)
55. Оңтүстік-Орал технологиялық университеті (РФ, Челябі қ.)
56. Н.Э.Бауман атындағы Қазан мемлекеттік ветеринарлық медицина академиясы (РФ)
57. Қазан мемлекеттік аграрлық университеті (РФ)
58. Уфа мемлекеттік мұнай техникалық университеті (РФ)

Ынтымақтастық туралы шарттар шеңберінде университет оқытушылары біліктілікті арттырудан, ғылыми тағылымдамалардан өтеді, бірлескен халықаралық ғылыми-практикалық конференцияларды ұйымдастырады және өткізеді, бірлескен ғылыми зерттеулерді орындайды, диссертациялық жұмыстарды орындайды және қорғайды, ПОҚ, магистранттар академиялық алмасуды жүзеге асырады, шетелдік профессорларды шақырады, қосымша кәсіптік білім беруді іске асырады.