Университет қызметінің маңызды бағыттарының бірі қазақстандық және шетелдік жоғары оқу орындарымен және орталықтармен ғылым және білім беру саласындағы ынтымақтастықты дамыту болып табылады – бұл жоғары оқу орны қызметі тиімділігінің маңызды көрсеткіші.
Қазіргі уақытта БҚИТУ Қазақстан, Ресей, Украина, Белоруссия, Қырғызстан, Польша, Германия, Армения жоғары оқу орындарымен және ҒЗИ-мен ғылым және білім саласындағы ынтымақтастық туралы 46 шарт жасалды:
- Ақмулла атындағы Башқұрт мемлекеттік педагогикалық университеті (Уфа, РФ)
- Белгород мемлекеттік ұлттық зерттеу университеті (РФ)
- Шығыс экономикалық және құқықтық гуманитарлық академия (VEGU Academy) (Уфа, РФ)
- Ресей ғылым академиясының Орал бөлімшесі Дала институты (Орынбор, РФ)
- B. B. Городовиков атындағы Қалмақ мемлекеттік университеті (Элиста, РФ)
- Қырым инженерлік -педагогикалық университеті (Симферополь, РФ)
- Халықаралық нарық институты (РФ) (Самара, РФ)
- Орынбор мемлекеттік аграрлық университеті (РФ)
- Орынбор мемлекеттік педагогикалық университеті (РФ)
- Орынбор мемлекеттік университеті (РФ)
- «Ресей ынтымақтастық университеті» Ресей Федерациясы Орталық Одағының жоғары білім беру дербес коммерциялық емес білім беру ұйымының Еділ Кооперативтік институты (филиалы) (Энгельс, РФ)
- Самара гуманитарлық академиясы (РФ)
- Самара мемлекеттік сәулет және құрылыс университеті (РФ)
- Самара мемлекеттік техникалық университеті (РФ)
- Самара менеджмент институты (РФ)
- Саратов мемлекеттік аграрлық университеті. Н.И. Вавилова (РФ)
- Ю.А. атындағы Саратов мемлекеттік техникалық университеті. Гагарина (РФ)
- Н.Г. атындағы Саратов мемлекеттік университеті. Чернышевский (РФ)
- Эксперименталды эмбриология және репродуктивті биотехнология орталығы (Мәскеу, РФ)
- Қырғыз Республикасы Президенті жанындағы Мемлекеттік басқару академиясы (Бішкек, Қырғызстан Республикасы)
- «Манас» қырғыз-түрік университеті (Бішкек, Қырғызстан Республикасы)
- В.Брусов атындағы Ереван мемлекеттік лингвистикалық университеті (Армения).
- Беларусь Ұлттық Ғылым Академиясының Жалпы және бейорганикалық химия институты (Минск, Беларусь Республикасы)
- Быдгощ қаласындағы Экономика университеті (Польша)
- Қайнар академиясы (Алматы, ҚР)
- Қ.Жұбанов атындағы Ақтөбе өңірлік мемлекеттік университеті (ҚР)
- атындағы Ақтөбе университеті С.Баишева (ҚР)
- Ы.Алтынсарин атындағы Арқалық мемлекеттік педагогикалық институты
- Х.Досмұхамедов атындағы Атырау мемлекеттік университеті (ҚР)
- Атырау мұнай және газ институты (ҚР)
- «КазНИВИ» ЖШС филиалының Батыс Қазақстан ғылыми -зерттеу ветеринарлық станциясы (Орал, ҚР)
- Жәңгір хан атындағы Батыс Қазақстан аграрлық -техникалық университеті (Орал, ҚР)
- М.Өтемісов атындағы Батыс Қазақстан мемлекеттік университеті (Орал, ҚР)
- Қазақ мемлекеттік қыздар педагогикалық университеті (Алматы, ҚР)
- Қазақ ұлттық университеті. Әл-Фараби (Алматы, ҚР)
- Қостанай мемлекеттік педагогикалық институты (ҚР)
- атындағы Қостанай инженерлік -экономикалық университеті М.Дулатова (ҚР)
- Қорқыт Ата атындағы Қызылорда мемлекеттік университеті (ҚР)
- М.Х. атындағы Тараз мемлекеттік университеті. Дулати (ҚР)
- «Аспан» ЖШС (Орал, ҚР)
- «Ізденіс» ЖШС (Орал, ҚР)
- «Эко-Жерұйық» ЖШС (Орал, ҚР)
- Тұран университеті (Алматы, ҚР)
- Оңтүстік Қазақстан гуманитарлық институты. М.Сапарбаева (Шымкент, ҚР)
- «Ұлттық ғылыми -техникалық ақпарат орталығы» АҚ (Алматы, ҚР)
- «Perspective plus» халықаралық инновациялық орталығы (Теплица, Чехия)
- Альметьевск мемлекеттік мұнай институты (Татарстан Республикасы, Альметьевск)
- Орал мемлекеттік педагогикалық университеті (Екатеринбург, РФ)
- Оңтүстік Орал мемлекеттік гуманитарлық -педагогикалық университеті (Челябинск қ., РФ)
- Самара мемлекеттік әлеуметтік -педагогикалық университеті (РФ)
- Пенза мемлекеттік аграрлық университеті (РФ)
- Тамбов мемлекеттік техникалық университеті (РФ)
- Еділ мемлекеттік қызмет университеті (Тольятти, РФ)
- Мәскеу халықаралық академиясы (РФ)
- Краснодар жануарлар және ветеринария ғылыми орталығы (РФ)
- Бонн университетінің Шығыс және Азиятану институты (Германия)
- Жәңгір хан атындағы БҚАТУ биотехнология және табиғатты пайдалану ғылыми -зерттеу институты (Орал, ҚР)
- Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрлігі Ветеринариялық бақылау және қадағалау комитетінің «Республикалық ветеринариялық зертхана» ЖШС.
- Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрлігі Ветеринариялық бақылау және қадағалау комитетінің «Республикалық ветеринариялық зертхана» ЖШС.
- «Гидроприбор» ҒЗИ «АҚ (Орал, ҚР)
- «Интергаз Орталық Азия» АҚ (Орал, ҚР)
- БҚО кәмелетке толмағандардың істері жөніндегі мамандандырылған ауданаралық соты
- Ж.Досмұхамедов атындағы ГККП жоғары педагогикалық колледжі
- «Жылыой ауданының білім бөлімі» мемлекеттік мекемесі.
- Столыпин атындағы Ульянов мемлекеттік аграрлық университеті (РФ)
- Удмурт мемлекеттік университеті (Ижевск, РФ)
- «Шамшырақ» ӘКК (Орал, ҚР)
- Оңтүстік Орал технологиялық университеті (Челябинск, РФ)
- Бауман атындағы Қазан мемлекеттік ветеринарлық медицина академиясы (Қазан, РФ)
- Қазан мемлекеттік аграрлық университеті (Қазан, РФ).
- Уфа мемлекеттік мұнай техникалық университеті (Уфа, РФ).
- Қазақ-Орыс халықаралық университеті (Актөбе, ҚР)
Ынтымақтастық туралы шарттар шеңберінде университет оқытушылары біліктілікті арттырудан, ғылыми тағылымдамалардан өтеді, бірлескен халықаралық ғылыми-практикалық конференцияларды ұйымдастырады және өткізеді, бірлескен ғылыми зерттеулерді орындайды, диссертациялық жұмыстарды орындайды және қорғайды, ПОҚ, магистранттар академиялық алмасуды жүзеге асырады, шетелдік профессорларды шақырады, қосымша кәсіптік білім беруді іске асырады.