Университет қызметінің маңызды бағыттарының бірі қазақстандық және шетелдік жоғары оқу орындарымен және орталықтармен ғылым және білім беру саласындағы ынтымақтастықты дамыту болып табылады – бұл жоғары оқу орны қызметі тиімділігінің маңызды көрсеткіші.

Қазіргі уақытта БҚИТУ Қазақстан, Ресей, Украина, Белоруссия, Қырғызстан, Польша, Германия, Армения жоғары оқу орындарымен және ҒЗИ-мен ғылым және білім саласындағы ынтымақтастық туралы 46 шарт жасалды:

1. Ақмулла атындағы Башқұрт мемлекеттік педагогикалық университеті (Уфа, РФ)
2. Белгород мемлекеттік ұлттық зерттеу университеті (РФ)
3. Шығыс экономикалық және құқықтық гуманитарлық академия (VEGU Academy) (Уфа, РФ)
4. Ресей ғылым академиясының Орал бөлімшесі Дала институты (Орынбор, РФ)
5. B. B. Городовиков атындағы Қалмақ мемлекеттік университеті (Элиста, РФ)
6. Қырым инженерлік -педагогикалық университеті (Симферополь, РФ)
7. Халықаралық нарық институты (РФ) (Самара, РФ)
8. Орынбор мемлекеттік аграрлық университеті (РФ)
9. Орынбор мемлекеттік педагогикалық университеті (РФ)
10. Орынбор мемлекеттік университеті (РФ)
11. «Ресей ынтымақтастық университеті» Ресей Федерациясы Орталық Одағының жоғары білім беру дербес коммерциялық емес білім беру ұйымының Еділ Кооперативтік институты (филиалы) (Энгельс, РФ)
12. Самара гуманитарлық академиясы (РФ)
13. Самара мемлекеттік сәулет және құрылыс университеті (РФ)
14. Самара мемлекеттік техникалық университеті (РФ)
15. Самара менеджмент институты (РФ)
16. Саратов мемлекеттік аграрлық университеті. Н.И. Вавилова (РФ)
17. Ю.А. атындағы Саратов мемлекеттік техникалық университеті. Гагарина (РФ)
18. Н.Г. атындағы Саратов мемлекеттік университеті. Чернышевский (РФ)
19. Эксперименталды эмбриология және репродуктивті биотехнология орталығы (Мәскеу, РФ)
20. Қырғыз Республикасы Президенті жанындағы Мемлекеттік басқару академиясы (Бішкек, Қырғызстан Республикасы)
21. «Манас» қырғыз-түрік университеті (Бішкек, Қырғызстан Республикасы)
22. В.Брусов атындағы Ереван мемлекеттік лингвистикалық университеті (Армения).
23. Беларусь Ұлттық Ғылым Академиясының Жалпы және бейорганикалық химия институты (Минск, Беларусь Республикасы)
24. Быдгощ қаласындағы Экономика университеті (Польша)
25. Қайнар академиясы (Алматы, ҚР)
26. Қ.Жұбанов атындағы Ақтөбе өңірлік мемлекеттік университеті (ҚР)
27. атындағы Ақтөбе университеті С.Баишева (ҚР)
28. Ы.Алтынсарин атындағы Арқалық мемлекеттік педагогикалық институты
29. Х.Досмұхамедов атындағы Атырау мемлекеттік университеті (ҚР)
30. Атырау мұнай және газ институты (ҚР)
31. «КазНИВИ» ЖШС филиалының Батыс Қазақстан ғылыми -зерттеу ветеринарлық станциясы (Орал, ҚР)
32. Жәңгір хан атындағы Батыс Қазақстан аграрлық -техникалық университеті (Орал, ҚР)
33. М.Өтемісов атындағы Батыс Қазақстан мемлекеттік университеті (Орал, ҚР)
34. Қазақ мемлекеттік қыздар педагогикалық университеті (Алматы, ҚР)
35. Қазақ ұлттық университеті. Әл-Фараби (Алматы, ҚР)
36. Қостанай мемлекеттік педагогикалық институты (ҚР)
37. атындағы Қостанай инженерлік -экономикалық университеті М.Дулатова (ҚР)
38. Қорқыт Ата атындағы Қызылорда мемлекеттік университеті (ҚР)
39. М.Х. атындағы Тараз мемлекеттік университеті. Дулати (ҚР)
40. «Аспан» ЖШС (Орал, ҚР)
41. «Ізденіс» ЖШС (Орал, ҚР)
42. «Эко-Жерұйық» ЖШС (Орал, ҚР)
43.  Тұран университеті (Алматы, ҚР)
44. Оңтүстік Қазақстан гуманитарлық институты. М.Сапарбаева (Шымкент, ҚР)
45. «Ұлттық ғылыми -техникалық ақпарат орталығы» АҚ (Алматы, ҚР)
46. ​​«Perspective plus» халықаралық инновациялық орталығы (Теплица, Чехия)
47. Альметьевск мемлекеттік мұнай институты (Татарстан Республикасы, Альметьевск)
48. Орал мемлекеттік педагогикалық университеті (Екатеринбург, РФ)
49. Оңтүстік Орал мемлекеттік гуманитарлық -педагогикалық университеті (Челябинск қ., РФ)
50. Самара мемлекеттік әлеуметтік -педагогикалық университеті (РФ)
51. Пенза мемлекеттік аграрлық университеті (РФ)
52. Тамбов мемлекеттік техникалық университеті (РФ)
53. Еділ мемлекеттік қызмет университеті (Тольятти, РФ)
54. Мәскеу халықаралық академиясы (РФ)
55. Краснодар жануарлар және ветеринария ғылыми орталығы (РФ)
56. Бонн университетінің Шығыс және Азиятану институты (Германия)
57. Жәңгір хан атындағы БҚАТУ биотехнология және табиғатты пайдалану ғылыми -зерттеу институты (Орал, ҚР)
58. Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрлігі Ветеринариялық бақылау және қадағалау комитетінің «Республикалық ветеринариялық зертхана» ЖШС.
59. Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрлігі Ветеринариялық бақылау және қадағалау комитетінің «Республикалық ветеринариялық зертхана» ЖШС.
60. «Гидроприбор» ҒЗИ «АҚ (Орал, ҚР)
61. «Интергаз Орталық Азия» АҚ (Орал, ҚР)
62. БҚО кәмелетке толмағандардың істері жөніндегі мамандандырылған ауданаралық соты
63. Ж.Досмұхамедов атындағы ГККП жоғары педагогикалық колледжі
64. «Жылыой ауданының білім бөлімі» мемлекеттік мекемесі.
65. Столыпин атындағы Ульянов мемлекеттік аграрлық университеті (РФ)
66. Удмурт мемлекеттік университеті (Ижевск, РФ)
67. «Шамшырақ» ӘКК (Орал, ҚР)
68. Оңтүстік Орал технологиялық университеті (Челябинск, РФ)
69. Бауман атындағы Қазан мемлекеттік ветеринарлық медицина академиясы (Қазан, РФ)
70. Қазан мемлекеттік аграрлық университеті (Қазан, РФ).
71. Уфа мемлекеттік мұнай техникалық университеті (Уфа, РФ).
72. Қазақ-Орыс халықаралық университеті (Актөбе, ҚР)

Ынтымақтастық туралы шарттар шеңберінде университет оқытушылары біліктілікті арттырудан, ғылыми тағылымдамалардан өтеді, бірлескен халықаралық ғылыми-практикалық конференцияларды ұйымдастырады және өткізеді, бірлескен ғылыми зерттеулерді орындайды, диссертациялық жұмыстарды орындайды және қорғайды, ПОҚ, магистранттар академиялық алмасуды жүзеге асырады, шетелдік профессорларды шақырады, қосымша кәсіптік білім беруді іске асырады.