Одним из важнейших направлений деятельности университета является развитие сотрудничества в области науки и образования с казахстанскими и зарубежными вузами и центрами – это важный показатель эффективности деятельности вуза.

В настоящее время в ЗКИТУ заключены договоры о сотрудничестве в области науки и образования с вузами и НИИ Казахстана, России, Украины, Белоруссии, Кыргызстана, Польши, Германии, Армении.

1. Башкирский государственный педагогический университет имени Акмуллы (г. Уфа, РФ)
2. Белгородский государственный национальный исследовательский университет (РФ)
3. Восточная экономико-юридическая гуманитарная академия (Академия ВЭГУ) (г. Уфа, РФ)
4. Институт Степи Уральского отделения Российской академии наук (г. Оренбург, РФ)
5. Калмыцкий государственный университет им. Б.Б. Городовикова (г. Элиста, РФ)
6. Крымский инженерно-педагогический университет (г. Симферополь, РФ)
7. Международный институт рынка (РФ) (г. Самара, РФ)
8. Оренбургский государственный аграрный университет (РФ)
9. Оренбургский государственный педагогический университет (РФ)
10. Оренбургский государственный университет (РФ)
11. Поволжский кооперативный институт (филиал) автономной некоммерческой образовательной организации высшего образования Центросоюза  Российской Федерации «Российский университет кооперации» (г. Энгельс, РФ)
12. Самарская гуманитарная академия (РФ)
13. Самарский государственный архитектурно-строительный университет (РФ)
14. Самарский государственный технический университет (РФ)
15. Самарский институт управления (РФ)
16. Саратовский государственный аграрный университет им. Н.И. Вавилова (РФ)
17. Саратовский государственный технический университет имени Ю.А. Гагарина (РФ)
18. Саратовский государственный университет имени Н.Г. Чернышевского (РФ)
19. Центр экспериментальной эмбриологии и репродуктивных биотехнологий (г. Москва, РФ)
20. Академия государственного управления при Президенте Кыргызской Республики (г. Бишкек, Республика Кыргызстан)
21. Кыргызско-Турецкий университет «Манас» (г. Бишкек, Республика Кыргызстан)
22. Ереванский государственный лингвистический университет имени В. Брюсова (Армения)
23. Институт общей и неорганической химии НАН Беларуси (г. Минск, Республика Беларусь)
24. Университет экономики в г. Быдгоще (Польша)
25. Академия Кайнар (г. Алматы, РК)
26. Актюбинский региональный государственный университет имени К. Жубанова (РК)
27. Актюбинский университет им. С. Баишева (РК)
28. Аркалыкский государственный педагогический институт имени И. Алтынсарина
29. Атырауский государственный университет имени Х. Досмухамедова (РК)
30. Атырауский институт нефти и газа (РК)
31. Западно-Казахстанская научно-исследовательская ветеринарная станция филиала ТОО «КазНИВИ» (г. Уральск, РК)
32. Западно-Казахстанский аграрно-технический университет имени Жангир хана (г. Уральск, РК)
33. Западно-Казахстанский государственный университет имени М.Утемисова(г. Уральск, РК)
34. Казахский государственный женский педагогический университет (г. Алматы, РК)
35. Казахский национальный университет им. Аль-Фараби (г. Алматы, РК)
36. Костанайский государственный педагогический институт (РК)
37. Костанайский инженерно-экономический университет им. М. Дулатова (РК)
38. Кызылординский государственный университет имени Коркыт Ата  (РК)
39. Таразский государственный университет имени М.Х. Дулати (РК)
40.  ТОО «Аспан» (г. Уральск, РК)
41.  ТОО «Ізденіс» (г. Уральск, РК)
42. ТОО Эко-Жерұйык (г. Уральск, РК)
43. Университет Туран (г. Алматы, РК)
44. Южно-Казахстанский гуманитарный институт им. М. Сапарбаева (г. Шымкент, РК)
45.   АО «Национальный центр научно-технической информации» (г. Алматы, РК)
46. Международный инновационный центр «Perspective plus» (г. Теплица, Чехия)
47. Альметьевский государственный нефтяной институт (Республика Татарстан, г. Альметьевск)
48. Уральский государственный педагогический университет (г.Екатеринбург, РФ)
49. Южно-Уральский государственный гуманитарно-педагогический университет (г.Челябинск, РФ)
50. Самарский государственный социально-педагогический университет (РФ)
51. Пензенский государственный аграрный университет (РФ)
52. Тамбовский государственный технический университет (РФ)
53. Поволжский государственный университет сервиса (г.Тольятти, РФ)
54. Московская международная академия (РФ)
55. Краснодарский научный центр по зоотехнии и ветеринарии (РФ)
56. Институт Востоковедения и азиатских исследовании Боннского университета (Германия)
57.  Научно-исследовательский институт биотехнологии и природопользования ЗКАТУ имени Жангир хана (Уральск, РК)
58. ТОО «Республиканская ветеринарная лаборатория» Комитета  ветеринарного контроля и надзора МСХ РК
59. ТОО «Республиканская ветеринарная лаборатория» Комитета  ветеринарного контроля и надзора МСХ РК
60. АО «НИИ «Гидроприбор»  (Уральск, РК)
61. АО «Интергаз Центральная Азия» (Уральск, РК)
62. Специализированный межрайонный суд по делам несовершеннолетних ЗКО
63. ГККП Высший педагогический колледж им.Ж.Досмухамедова
64. Государственное учреждение «Отдел образования Жылыойского района»
65. Ульяновский государственный аграрный университет имени П.А.Столыпина (РФ)
66. Удмуртский государственный университет (г.Ижевск, РФ)
67. СПК «Шамшырак» (г. Уральск, РК)
68. Южно-Уральский технологический университет (г.Челябинск, РФ)
69. Казанская государственная академия ветеринарной медицины имени Н.Э.Баумана (г.Казань, РФ)
70. Казанский государственный аграрный университет (г.Казань, РФ).
71. Уфимский государственный нефтяной технический университет (г. Уфа, РФ).
72. Казахско-Русский международный университет (Актобе, РК)

В рамках договоров о сотрудничестве преподаватели университета проходят повышение квалификации, научные стажировки, организовывают и проводят совместные международные научно-практические конференции, выполняют совместные научные исследования, выполняют и защищают диссертационные работы, осуществляют академический обмен ППС, магистрантов, приглашают зарубежных профессоров, реализуют дополнительное профессиональное образование.

Планы творческого сотрудничества по выполнению совместных НИР

1. Башкирский государственный педагогический университет имени Акмуллы, г.Уфа (НИР по этнолингвистике)
2. Оренбургский государственный аграрный университет (НИР по ветеринарии)
3. Оренбургский государственный педагогический университет (НИР по истории)
4. Саратовский государственный аграрный университет им. Н.И. Вавилова, Самарский институт управления (НИР по экономическим наукам)
5. Саратовский государственный технический университет имени Ю.А. Гагарина (НИР по экологии)
6. Саратовский государственный технический университет имени Ю.А. Гагарина (НИР по экологии)
7. Саратовский государственный технический университет имени Ю.А. Гагарина (НИР по экологии)
8. Саратовский государственный технический университет имени Ю.А. Гагарина (НИР по экологии)
9. Саратовский государственный технический университет имени Ю.А. Гагарина (НИР по экологии)
10. Актюбинский региональный государственный университет имени К. Жубанова (НИР по древнетюркским рукописям)
11. Саратовский государственный аграрный университет имени Н.И. Вавилова (по сельскохозяйственным наукам)
12. Самарский государственный экономический университет (НИР по экономике)
13. Калмыцкий государственный университет имени Б.Б. Городовикова, г. Элиста (НИР по филологии)
14. Саратовский государственный технический университет имени Ю.А. Гагарина (НИР по геоэкологии и инженерной геологии)
15. Самарский государственный технический университет (НИР по строительству)
16. Калмыцкий государственный университет имени Б.Б. Городовикова, ФГБУН «Институт языкознания РАН» (НИР по филологии)
17. Саратовский государственный технический университет имени Ю.А. Гагарина (НИР по кадастру, земельному устройству).
18. Самарский государственный технический университет (НИР по нефтегазовому делу)
19. Самарский государственный социально-педагогический университет (НИР по педагогике)
20. Самарский государственный социально-педагогический университет (НИР по экономике)
21. Самарский государственный технический университет (НИР по безопасности жизнедеятельности)